Gli anni tra il 1981 e il 1985 sono particolarmente importanti per la vita del nuovo Santuario di San Gabriele. I lavori sono ancora incompleti, mancano infatti le impermeabilizzazioni dei terrazzi, e i lavori alle scale per accedervi, manca soprattutto il completamento del presbiterio. L’Architetto Eugenio Abruzzini volle modificare il progetto della Chiesa e cambiare la struttura e posizione dell’altare maggiore, arretrandolo per dargli maggiore respiro ed abbattendo i muri di separazione rispetto a quella che sarebbe diventata la cappella feriale. Per il momento, il nuovo presbiterio sarebbe stato allestito con elementi provvisori. Ma c’è un’altra area del Santuario che viene ripensata ed è oggetto di nuovi lavori: quella in fondo, presso il porticato, dove si pensa di ricavare uno spazio in cui costruire la Cappella della Riconciliazione da realizzarsi – è questa l’intenzione della comunità – secondo le più recenti norme liturgiche.
Intanto però vengono installate tre grandi porte di ferro zincato e si fa un massetto di cemento levigato che non pregiudichi la futura pavimentazione definitiva. Scopo di questi lavori è permettere alla comunità e ai pellegrini di iniziare a servirsi dei locali del nuovo santuario. Il 2 agosto 1981, quindi, le attività pastorali della comunità si spostano per la prima volta al Nuovo Santuario.
Da allora e per tutte le domeniche di agosto, settembre e ottobre, e nei giorni feriali più affollati, le celebrazioni si sarebbero tenute nel nuovo Santuario.
La nuova cappella delle confessioni, composta di 22 confessionali, sarebbe stata usata per la prima volta nel 1983, ma benché apprezzata da tutti, risulta ancora insufficiente. Nello stesso anno si aprono le porte sotto al porticato che ospita anche un punto informazioni, e nei saloni interni della Chiesa viene allestita una mostra vocazionale e missionaria. Sempre nel 1983, l’ultima domenica di settembre, in occasione della festa popolare del santo, l’urna di San Gabriele viene collocata per la prima volta nella nuova cripta (ancora incompleta e allo stato rustico), tra la curiosità e l’ammirazione di tanti pellegrini.
Nel 1984 i lavori hanno interessato la cappella della riconciliazione con l’aggiunta di altri otto confessionali e la cripta, la cui rampa di accesso è stata mutata per renderla conforme alle norme in materia, che nel frattempo erano cambiate. Nello stesso anno, il Nuovo Santuario si arricchisce della pavimentazione in granito policromo, delle finestre, della centrale termica per la climatizzazione, dell’impianto di illuminazione e di sonorizzazione della chiesa e del piazzale.
Insomma, il santuario prende forma e diventa sempre più bello, accogliente, e fruibile dai pellegrini che, sempre numerosi accorrono a visitare il santo dei giovani.
Ma il pellegrino più illustre sarebbe arrivato l’anno successivo. Il 30 giugno 1985, infatti, in elicottero, arriva da Roma papa Giovanni Paolo II. La sua visita è stata non solo quella del pastore, ma appunto quella del pellegrino che, dopo i convenevoli scende in cripta e prega il santo a cui ha chiesto – tra l’altro – perdono per i padri del Concilio Vaticano II che ne avevano tolto la memoria obbligatoria. In quella circostanza è stata ufficialmente inaugurata la cripta. La chiesa invece, sarebbe stata inaugurata solo molti anni dopo, nel 2014.